全縣轄四鎮一鄉(西林吉鎮、圖強鎮、勁濤鎮、興安鎮、北極鄉)，7個行政村，35個自然屯。西林吉鎮是漠河縣委、縣政府(西林吉林業局)所在地，境內還有圖強、阿木爾兩個林業局及所屬古蓮河露天煤礦、漠河發電廠。西林吉鎮設3個社區，14個居民委員會；圖強鎮下設13個居民委員會；勁濤鎮下設11個居民委員會；興安鎮下設3個村民委員會；北極鄉下設3個村民委員會。

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