漠河縣位于祖國版圖的最北部，居中俄界河黑龍江之濱，是全國緯度最高的縣份。漠河縣位于全國九大山系之一的大興安嶺山脈的北坡，黑龍江上游南岸。地理坐標為東經121°07′～124°20′，北緯52°10′～53°33′。

漠河縣東與塔河縣接壤，西和內蒙古自治區呼倫貝爾盟的額爾古納右旗為鄰，南以內蒙古自治區根河市和大興安嶺地區所屬的呼中區交界，北隔黑龍江主航道與俄羅斯相望。

漠河縣自黑龍江上游內蒙古恩河哈達以東2．6千米處，下至謝尼康河口，邊界線長245千米，境內南北寬150千米，總面積18 233平方千米。漠河縣面積占大興安嶺地區總面積的21．6％，占全省總面積的3．9％，人口密度為每平方千米里4．64人。

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